Ο Τόμας και οι τολμηροί σύντροφοί του έχουν βγει πια από τον εφιαλτικό Λαβύρινθο αλλά βρίσκονται αντιμέτωποι με την μεγαλύτερή τους πρόκληση μέχρι τώρα: την μυστηριώδη και παντοδύναμη οργάνωση γνωστή ως Τμήμα Παγκόσμιας Καταστροφής (WCKD). Όσο φιλόξενοι και περιποιητικοί κι αν είναι οι άνδρες που τους περισυνέλεξαν μετά την απόδρασή τους, ο Τόμας δεν μπορεί να αφήσει στην άκρη τις αμφιβολίες του σχετικά με τα αληθινά τους κίνητρα. Σιγά-σιγά εκείνος και οι φίλοι του συνειδητοποιούν ότι ο έξω κόσμος κρέμεται από μια κλωστή και ότι μια μοίρα χειρότερη από τον θάνατο περιμένει όλους όσοι μείνουν πίσω στην απέραντη ερημωμένη περιοχή της Πύρινη Γης. Ενώνοντας τις δυνάμεις τους με αντιστασιακούς πολεμιστές, τα μέλη της ομάδας τα βάζουν με τις κατά πολύ ανώτερες δυνάμεις του WCKD και αποκαλύπτουν τα σοκαριστικά της σχέδια. Σε έναν κόσμο όπου τίποτα δεν είναι όπως φαίνεται, οι πρωταγωνιστές θα προσπαθήσουν να κάνουν μια καινούρια αρχή, χωρίς όμως να υποπτεύονται ότι μερικές φορές η αλήθεια είναι πιο σκληρή από το ψέμα.