Έχουν περάσει αρκετά χρόνια από τότε που ο Στίτς (Κρις Σάντερς), αποτέλεσμα του "πειράματος 626" του εκκεντρικού Δρ Τζουκίμπα (Ντέιβιντ Όγκντεν Στάιερς), προσγειώθηκε στη Γη και έγινε φίλος με ένα κορίτσι, τη Λίλο (Ντέιβι Τσέις). Τώρα ο Στίτς, η Λίλο και ο γιατρός ζουν στη Χαβάη με την αδελφή της Λίλο, τη Νάνι (Tia Carrere). Όμως η ζωή τους ανατρέπεται από την άφιξη του καπετάνιου Γκάντου (Κέβιν Μάικλ Ρίτσαρντσον), ο οποίος απαγάγει τον Τζουκίμπα για να μάθει πού βρίσκονται τα άλλα 625 πειράματά του. Είναι στο χέρι της Λίλο και του Στιτς να σώσουν τον Τζουκίμπα.