Αυτή τη φορά, η αρχαιολόγος και εξερευνήτρια που ακούει στο όνομα Lara Croft αναζητά ένα χαμένο ναό, στον οποίο φημολογείται ότι βρίσκονται κρυμμένοι οι μυθικοί θυσαυροί του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Ένας σεισμός στη Σαντορίνη, δίνει το σημάδι που χρειάζεται η Lara για να ξεκινήσει την υποθαλάσσια εξερεύνησή της έξω από την καλντέρα. Όπως είναι αυτονόητο ανακαλύπτει το ναό, αλλά εκτός από τους θησαυρούς βρίσκει και ένα πρωτότυπο χάρτη ο οποίος υπόσχεται να την οδηγήσει στο χαμένο κουτί της Πανδώρας. Δυστυχώς όμως τον χάρτη θα της κλέψει ο Chen Lo, ένας κινέζος μαφιόζος για λογαριασμό του μεγιστάνα Reiss. Ο κακός της υπόθεσης έχει βάλει σκοπό να χρησιμοποιήσει το κουτί της Πανδώρας για να σπείρει τον όλεθρο. Η Lara όμως σκοπεύει να τον σταματήσει.