Ένα ιαπωνικό ναυτικό βαθυσκάφος κατεβαίνει για να ερευνήσει το ναυάγιο ενός αμερικανικού πυρηνικού υποβρυχίου. Το πλήρωμα επιστρέφει με υλικό που αποκαλύπτει την παρουσία ενός τέρατος — και γίνεται αντιληπτό πως ο Γκοτζίλα, που θεωρούνταν νεκρός εδώ και πενήντα χρόνια, ίσως επέστρεψε. Η Γιούρι Τατσιμπάνα, κόρη ναυάρχου και ρεπόρτερ σε ένα φτηνό καλωδιακό κανάλι, καταγράφει ένα μυστηριώδες «σεισμό» την ώρα που συμβαίνει. Μετά τη συνάντησή της με έναν γέρο που επέζησε από την επίθεση του 1954, αρχίζει να πιστεύει πως τρία Ιερά Τέρατα-Φύλακες ξυπνούν για να αντιμετωπίσουν τον Γκοτζίλα. Ο Γκοτζίλα έχει αναστηθεί ως ενσάρκωση των ψυχών που σκοτώθηκαν στον Ειρηνικό κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο και ξεκινά μια ασταμάτητη πορεία καταστροφής σε όλη τη χώρα. Τα Τέρατα-Φύλακες — ο υπόγειος δράκος Μπαραγκόν, η φτερωτή Μόθρα και ο τρικέφαλος Γκιντορά — επιστρέφουν στη ζωή και συγκλίνουν προς το Τόκιο για μια τιτανομαχία που θα κρίνει το μέλλον της Ιαπωνίας.