Εχουν περασει τεσσερα χρονια απο τοτε που οι πρακτορες μας απετρεψαν μια διαγαλαξιακη καταστροφη επικων διαστασεων. Ενω ο Kay εχει επιστρεψει στις ανεσεις της αστικης ζωης, ο Jay εξακολουθει να εργαζεται στο “Men in Black’, την πιο αξιολογη αλλα ανεπισημη κυβερνητικη υπηρεσια, που ρυθμιζει καθε ειδους εξωγηινων εισβολων στη γη. Καθως λοιπον εξεταζει καποιο απο τα συνηθισμενα εγκληματα, ο Jay ξεσκεπαζει ενα διαβολικο σχεδιο υποκινημενο απο τη Serleena, ενα μοχθηρο τερας, που μεταμφιεζεται σε σεξι μοντελο. Ειναι ενας αγωνας εναντιον του χρονου, καθως ο Jay καλειται να μεταπεισει τον Kay - o οποιος οχι μονο δεν θυμαται τιποτα απο τη συμμετοχη του στην υπηρεσια, αλλα ειναι και το μονο ζωντανο ατομο που εχει την ικανοτητα να σωσει τον πλανητη – να επανενταχθει στη ΜΙB πριν η γη καταστραφει ολοκληρωτικα.