Η NCIS είναι μια ειδικευμένη ομάδα, που ασχολείται με τα εγκλήματα στο Ναυτικό. Ο Τζέθρο Γκιμπς και οι συνεργάτες του ρίχνουν άπλετο φως σε υποθέσεις που είναι βαθιά θαμμένες και τις καλύπτει μυστήριο. Οι σύγχρονοι "πειρατές" δεν είναι λιγότερο επικίνδυνοι, αφού η τρομοκρατία συνεχίζει τη δράση της και εκτός ξηράς: περιστατικά με υποβρύχια που εξαφανίστηκαν από τη μία στιγμή στην άλλη, δολοφονίες εν πλω, μυστηριώδη περιστατικά που σκεπάζονται από κύματα. Οι ήρωές μας όμως δεν σκοπεύουν να κάνουν πίσω, προτού βγει στην επιφάνεια η αλήθεια.